Постановлением Правительства Санкт-Петербурга от 14 марта 2006 г. N 249 "О мерах по реализации полномочий Санкт-Петербурга в связи с внесением изменений в действующее законодательство по совершенствованию разграничения полномочий в сфере отношений, связанных с охраной окружающей среды, рациональным использованием и охраной природных ресурсов" частично изменены полномочия Комитета по природопользованию, охране окружающей среды и обеспечению экологической безопасности Правительства Санкт-Петербурга.
В частности, Постановлением установлено, что Комитет по природопользованию, охране окружающей среды и обеспечению экологической безопасности:
1.1. Осуществляет государственное управление в области использования и охраны водных объектов на территории Санкт-Петербурга в пределах своей компетенции.
1.2. Является исполнительным органом государственной власти Санкт-Петербурга, осуществляющим государственный контроль за использованием и охраной водных объектов на территории Санкт-Петербурга (государственный региональный контроль) в установленном порядке.