ГУП «Водоканал Санкт-Петербурга» вручены сертификаты соответствия требованиям международного стандарта ИСО 9001-2000.
23 января 2006 г. ГУП «Водоканал Санкт-Петербурга» были вручены сертификаты Ассоциации по сертификации «Русский Регистр», органа по сертификации «САИ-Глобал-Русь» (представительство SAI-Global Ltd в России) и IQNet удостоверяющие, что система менеджмента качества организации в отношении предоставления услуг по водоснабжению и водоотведению населению и организациям Санкт-Петербурга и пригородов соответствует требованиям международного стандарта ИСО 9001-2000.
ГУП «Водоканал Санкт-Петербурга» имеет систему экологического менеджмента в отношении предоставления услуг по водоснабжению и водоотведению населению и организациям Санкт-Петербурга и пригородов, соответствующую требованиям международного стандарта ИСО 14001-2004. Сертификационный аудит СЭМ (соответствие СЭМ требованиям МС ИСО 14001-1996) был проведен летом 2003 г, ресертификация СЭМ (соответствие СЭМ требованиям МС ИСО 14001-2004) была проведена летом 2005 г.