В 2004 году текущие затраты ОАО "РЖД" на охрану окружающей среды составили почти два миллиарда рублей.

Во всем мире железные дороги признаны одним из наиболее экологичных видов транспорта. Тем не менее магистральными и маневровыми тепловозами, специальным подвижным составом, эксплуатационными подразделениями, обеспечивающими деятельность железнодорожного транспорта, оказывается негативное воздействие на окружающую среду.

В связи с этим ОАО "РЖД" уделяет большое внимание повышению экологической безопасности окружающей среды, которая обеспечивается за счет разработки и реализации экологических программ, технического перевооружения. Все эти мероприятия осуществляются за счет средств компании.

Выполнение мероприятий "Экологической программы железнодорожного транспорта на 2001-2005 годы" позволило за 4 года снизить негативное воздействие железнодорожного транспорта на окружающую среду.
За период 2001-2004 гг. в рамках программы выполнено 482 мероприятия. За счет средств капитальных вложений построено, реконструировано и введено в эксплуатацию 45 природоохранных объектов, в том числе очистных канализационных сооружений общей производительностью 6,48 млн. куб. м в год. На эти цели было израсходовано 830,7 млн. рублей.

Реализация заданий экологической программы, а также выполнение дополнительных мероприятий по требованию территориальных органов Министерства природных ресурсов России, Ростехнадзора и местных администраций позволили за 2001-2004 годы:

- снизить выбросы вредных веществ в атмосферный воздух на 40,9 тыс. тонн (18,4%);
- сократить потребление воды на 72,9 млн. куб. м (26,3%), в том числе на производственные нужды на 19,7 млн. куб. м (18,1%);

- уменьшить сброс загрязненных сточных вод в поверхностные водные объекты на 15,3 млн. куб. м (31,6%);
- увеличить использование и обезвреживание отходов производства в 5 раз.

В 2004 году текущие затраты компании на охрану окружающей среды составили 1778,3 млн. рублей, на капитальный ремонт основных производственных фондов природоохранного назначения - 207,4 млн. рублей.
Кроме этого, в 2004 году создано 101,5 га новых посадок вдоль железнодорожных путей на протяжении 43,2 км. На территориях железнодорожных станций посажено 18,6 тыс. деревьев и 19,1 тыс. кустарников.
Работа, постоянно проводимая в отрасли по техническому перевооружению, обеспечивает улучшение экологических показателей.

В 2004 году при капитальном ремонте пути заменялись деревянные шпалы (пропитанные антисептиками) на экологически чистые железобетонные. Главный путь на железобетонных шпалах увеличился на 2,81 тыс. км. Произведена замена асбестового балласта на щебень на протяжении 1,47 тыс. км.

На сети железных дорог для обеспечения экологической безопасности, исключения бактериального загрязнения железнодорожного полотна продолжалась работа по оснащению вагонов пассажирских поездов экологически чистыми туалетными комплексами отечественного производства.

В 2004 году при ремонте вагонов пассажирских поездов оборудовано такими туалетными комплексами 198 вагонов и закуплено 287 вагонов с экологически чистыми туалетами. Кроме этого, приобретено 242 вагона с экологически чистыми туалетами для электропоездов.

При проведении работ по электрификации железных дорог происходит замена тепловозной тяги на электровозную, что способствует снижению выбросов вредных веществ в атмосферу и уменьшению загрязнения почв тяжелыми металлами. За 2001-2004 годы протяженность электрифицированных линий увеличилась на 1600 км.