Наличие крупных промышленных комплексов ведет к возникновению ряда серьезных экологических проблем, таких как загрязнение атмосферы, почвы, поверхностных вод, перестройка водных экосистем при строительстве и функционировании водохранилищ, наличие обширных и недостаточно обустроенных полигонов твердых промышленных и бытовых отходов. Растет загрязнение воздушного бассейна городов выбросами автотранспорта.
Одна из основных задач Правительства Иркутской области - охрана уникальной экосистемы озера Байкал и социально-экономическое развитие Байкальской природной территории.