Полномочия МПР России приведены в соответствие с новым Лесным кодексом. Так, министерство осуществляет функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в области лесных отношений. Оно определяет правила заготовки древесины, живицы, недревесных лесных ресурсов, правила использования лесов для осуществления различных видов деятельности, порядок исчисления расчетной лесосеки, правила лесовосстановления, лесоразведения и ухода за лесами, форму лесной декларации, порядок ее заполнения и подачи, особенности охраны, защиты и воспроизводства лесов, расположенных на особо охраняемых природных территориях и в водоохранных зонах.
Также МПР России согласовывает структуру уполномоченных органов исполнительной власти субъектов РФ, осуществляющих переданные полномочия в области лесных отношений, осуществляет надзор за правовым регулированием органами государственной власти субъектов РФ вопросов осуществления переданных полномочий в области лесных отношений. При этом МПР России наделено правом направления обязательных для исполнения предписаний об отмене нормативных правовых актов субъектов РФ или о внесении в них изменений.
Одновременно из полномочий МПР России исключены использование, охрана, защита лесного фонда и воспроизводство лесов. Указанные функции осуществляет Федеральное агентство лесного хозяйства.